本研究所下属的科研平台主要包括：国家现代柑橘产业技术研发中心、国家柑橘育种中心、国家果树脱毒种质资源室内保存中心、国家柑橘无病毒一级采穗圃、湖北省柑橘工程技术中心等，共建园艺植物生物学教育部重点实验室、农业部华中地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室等省部级重点实验室。中国柑橘学会、湖北省柑橘学会挂靠在本研究所。