该基地于2002年经国务院三峡建设委员会批准立项，项目总投资450万元。项目2004年建成并正式运行。

该基地主要针对目前我国三峡库区柑橘树体病害感染严重，果园单产低、良种普及率低、橘农栽培水平与整体素质低下、橘树寿命短的现状而建设。项目的主要任务有：对我国及三峡库区主要栽培的柑橘感病品种进行病毒脱除；针对柑橘生产中的主要问题组织培训，提高柑橘种植业者的整体素质；针对我国柑橘生产的需要，定期或接受委托繁育无病毒接穗，普及柑橘无病毒良种，加快三峡库区以及我国柑橘栽培的无病毒化与现代化。

国家三峡柑橘无病毒良种一级采穗圃的建设，构建出我国柑橘良种无病毒繁育体系，以便有目的、有计划地为二级、三级采穗圃（良繁中心）提供纯正、优质及配套的无病毒接穗，充分发挥柑橘良种无病毒繁育体系下游功能的发挥，促进我国柑橘产业的健康稳步发展。

目前，该圃建有采穗圃温室、田间育种圃、示范观察园等共计10多亩，年可提供无病毒良种接穗80-100万个。项目建设以来，先后为湖北、湖南等南方柑橘产区提供无病毒良种10多个，接穗200多万枝，新品种更新面积达50多万亩。